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Le papier présente TaxonMatch, un outil conçu pour intégrer et harmoniser les données taxonomiques hétérogènes provenant de bases de données biologiques diverses, permettant ainsi de construire une colonne vertébrale taxonomique cohérente et de faciliter des analyses telles que la recherche de données moléculaires pour des fossiles ou l'identification d'espèces menacées.
Cette étude révèle que l'évolution rapide et sexospécifique du protéome salivaire de la souris est principalement pilotée par l'expansion de gènes spécifiques à la lignée et par une réorganisation régulatrice, notamment au niveau de la glande sous-maxillaire où la duplication génique et les motifs de régulation liés à la testostérone génèrent une forte dimorphie sexuelle.
Cette étude démontre que l'histoire de la symbiose avec des bactéries *Paraburkholderia* influence durablement l'évolution des amibes *Dictyostelium discoideum*, créant une dépendance au chemin parcouru qui persiste même après la perte des symbiotes.
Cette étude sur les épinoches à neuf épines confirme que la sélection liée réduit la diversité génétique dans les régions à faible recombinaison, notamment chez les grandes populations, et révèle qu'au moins une petite population d'eau douce a évolué vers un taux de recombinaison plus élevé, probablement pour faciliter l'adaptation et purger les mutations délétères.
Cette étude modélise les filaments multicellulaires simples pour démontrer que l'information intrinsèque, bien qu'utile pour l'évolution précoce, impose des compromis fondamentaux entre flexibilité et régularité qui limitent la capacité des organismes nascent à développer des cycles de vie complexes et finement régulés.
En modélisant l'impact du vieillissement démographique mondial sur la transmission de maladies comme la rougeole, la tuberculose, le méningocoque et Ebola, cette étude révèle que l'augmentation de la proportion de personnes âgées peut soit accroître la mortalité virulente dans certaines régions, soit la réduire ailleurs en raccourcissant la durée des infections, soulignant ainsi la nécessité d'adapter la gestion des maladies endémiques à ces dynamiques évolutives.
En reliant les estimations phylogénétiques aux données de criblage mutational profond, cette étude révèle que l'évolution du SARS-CoV-2 est régie par une course aux armements dynamique où la sélection naturelle favorise continuellement la liaison à l'ACE2 tout en basculant vers l'échappement à des classes d'anticorps spécifiques au fur et à mesure que l'immunité humaine évolue.
Cette étude démontre que les réseaux de gènes conservés et les ohnologs issus de duplications de génome entier chez les dipneustes ont été cooptés pour soutenir l'estivation, offrant ainsi un aperçu des mécanismes génétiques ayant permis l'adaptation des vertébrés à la vie terrestre.
Cette étude révèle que l'hétérogénéité environnementale et les compromis locaux dans l'allocation des ressources façonnent l'évolution de la taille des fleurs chez *Arabidopsis thaliana*, une espèce autogame, en favorisant des tailles réduites aux marges climatiques tout en permettant la persistance d'une diversité phénotypique dans les habitats plus propices.
En étudiant l'évolution convergente vers l'autofécondation chez les Brassicaceae, cette étude démontre que la réutilisation de variants fonctionnels préexistants du gène pléiotropique JAGGED, combinée à une architecture de réseau de développement sensible aux doses, canalise l'évolution vers des réductions parallèles de la taille des pétales.
Cette étude modélise l'évolution de la saisonnalité des épidémies en montrant que les pathogènes peuvent soit subir une dérive phénologique continue, soit converger vers une adaptation stable, voire coexister sous forme de morphes multiples, selon l'équilibre entre les effets de priorité saisonnière et les effets stabilisateurs de l'environnement.
Cette étude démontre que l'inversion des variables dépendantes et indépendantes dans les régressions PGLS sous le modèle de lambda de Pagel peut conduire à des conclusions incohérentes, et propose l'utilisation de métriques comme le lambda de Pagel ou le K de Blomberg pour sélectionner la variable dépendante lorsque la direction causale entre les traits est incertaine.
Cette étude révèle un nouveau système de toxine-antidote chez *C. elegans* où l'allèle de la toxine présent dans la souche de laboratoire N2 est naturellement supprimé par des mécanismes de silencing post-transcriptionnel médiés par les ARN pi et les siRNA 22G, constituant ainsi le premier exemple connu d'un tel système où la toxine est contrôlée par des voies d'ARN endogènes.
Cette étude révèle que, bien que les gènes imprégnés chez *Arabidopsis lyrata* et les Brassicaceae montrent des signes de sélection purifiante et de coévolution, les signatures de sélection au niveau des populations sont limitées et peu conformes aux prédictions de la théorie du conflit parental, suggérant que la sélection agit davantage sur l'expression que sur les séquences codantes.
Bien que les sous-types d'hémagglutinine de la grippe A partagent une structure et une fonction cellulaires très similaires, cette étude révèle que leurs contraintes évolutives diffèrent considérablement, avec environ la moitié des sites présentant des préférences en acides aminés divergentes en raison de réarrangements d'interactions entre résidus.
Cette étude comparative de 29 espèces de drosophilidés révèle que la taille des œufs présente une allométrie négative par rapport à la taille corporelle adulte et évolue principalement par divergence graduelle et stochastique, un schéma qui diffère de celui observé chez d'autres groupes animaux.
En combinant la reconstruction de séquences ancestrales et la cryo-microscopie électronique, cette étude révèle comment l'exosome eucaryote a évolué d'une enzyme active vers une plateforme régulatrice coordonnant l'activité séquentielle de deux ribonucléases via un mécanisme allostérique conservé depuis plus d'un milliard d'années.
Cette étude révèle que la diversité du gène wmk de Wolbachia, responsable du meurtre des mâles, ne se limite pas aux variations de séquence mais inclut également des réorganisations structurelles et des contextes génomiques distincts qui définissent une lignée divergente contrainte par le groupe de supergroupe du symbionte et l'ordre taxonomique de l'hôte.
En utilisant un modèle de simulation éco-évolutif sur des réseaux tripartites, cette étude démontre que la diversification évolutive dans les réseaux d'interactions mutualistes et antagonistes dépend crucialement du fait que ces interactions soient médiées par des traits végétaux corrélés ou non, révélant ainsi que l'intégration de multiples types d'interactions est essentielle pour comprendre la dynamique évolutive.
En appliquant un test simple basé sur le rapport de diversité {pi}_n/{pi}_s à *Escherichia coli* et *Staphylococcus aureus*, cette étude démontre que la majorité des gènes accessoires bactériens sont adaptatifs et maintenus par la sélection naturelle.